Nace en Montevideo el 8 de junio de 1830 en el seno de una familia modesta. Tempranamente revela afición por el dibujo, el que no abandona a pesar de sus múltiples actividades. Finalizada la Guerra Grande pasa a instalar un taller en Montevideo y comienza a ganarse el sustento pintando retratos. Por problemas familiares se traslada a Salto y de ahí a Entre Ríos donde pinta para el General Urquiza los cuadros de sus victorias militares, retratos familiares y motivos religiosos.
Convencido de su necesidad de formarse, solicita al gobierno uruguayo una beca a Europa, la que le es concedida en 1860. Es el primero de una serie de viajes al viejo continente, en los que incluirá con posterioridad Medio Oriente. Sus cinco años en Europa se centran en Florencia con el maestro Antonio Ciseri de neta filiación academicista, que marcará su obra posterior. Vuelve a Montevideo entre 1865 y 1879. Realiza algunos de sus grandes cuadros de tema histórico o de actualidad y su fama se divide entre Montevideo, Buenos Aires y Santiago de Chile.
Su dibujo es naturalista. En la distribución de la luz es un académico preocupado por aislar los colores puros en medio de ocres y grises.
Con Blanes la historia nacional se convirtió en tema, con su obra despunta la pintura republicana y por ello fue llamado "el pintor de la Patria". La seriedad historicista con que realiza su tarea queda demostrada en su correspondencia, buena parte de la cual está destinada a solicitar información minuciosa para documentarse antes de emprender sus cuadros históricos. También el paisajismo uruguayo se inaugura con Blanes. No recurre al paisaje en un sentido estricto, ya que éste constituye para él en telón de fondo de sus escenas y nunca en protagonista. Alcanza también renombre a través del género retratístico inscripto en estricta escuela academicista.
Muere en Italia, en 1901.